E' un raro “museo del Museo”, che consente di conoscere gli ambienti naturali del territorio e rivivere la cultura scientifica di fine Ottocento. Alcune vetrine risalgono addirittura agli inizi del secolo XIX e fanno da cornice agli esemplari, in genere coevi, delle tre collezioni principali di uccelli, mammiferi e pesci, a cui si aggiungono anche numerosi esemplari di rettili, anfibi e insetti.

La necessità di fornire all’odierno visitatore informazioni naturalistiche corrette e aggiornate viene soddisfatta dalla presenza di pannelli e didascalie riguardanti gli ecosistemi del territorio e i comportamenti ecologici delle principali specie animali presenti nelle collezioni zoologiche. Questi supporti permettono di costruire percorsi di visita alternativi a quello tradizionale (di tipo sistematico) mantenuto nell’ordinamento espositivo.

Il percorso comincia con le sale dedicate alle collezioni ornitologiche, che comprendono sia la fauna locale ed europea, sia quella esotica.

La sala I è dedicata agli uccelli acquatici, principalmente europei.

La sala II (detta anche “Sala del pavone”) presenta un’interessante collezione ottocentesca di limicoli esposti in una bella vetrina della stessa epoca, un’esposizione sistematica dei fringillidi d’Italia, alcune vetrine dedicate agli anatidi, europei ed esotici, e composizioni ottocentesche di colibrì, influenzate dal gusto artistico dell’epoca

La sala III è la nuova Sala del lariosauro e della paleontologia lecchese, che illustra le vicende dei ritrovamenti fossili del sauro lecchese, le sue caratteristiche e il paleoambiente del Triassico in cui viveva.

La sala IV (“Sala del quetzal”), oltre ad esporre al centro un meraviglioso e raro esemplare dell’animale sacro agli Incas, è dedicata in particolare agli uccelli esotici: le paradisee, i tucani e i pappagalli. Completano l’allestimento i piccoli passeracei e le rondini.

La sala V presenta i rettili di ogni taglia e area di provenienza, gli anfibi e i pesci.

La vicina sala VI è dedicata ai rapaci notturni e diurni. Oltre a tutti i rapaci del Lecchese, si segnalano alcuni magnifici esemplari di gufo reale e aquila reale.

Ritornando all’ingresso del museo, si accede alle sale dedicate ai mammiferi.

Nel corridoio (sala VII) troviamo le piccole proscimmie, molte in pericolo d’estinzione, come il catta, il quoll e il wallaby, una vetrina dedicata alle differenti tipologie di nidi, i grandi esemplari di istrice africano, ma anche le specie ormai estinte delle montagne lecchesi, come l’ultimo piccolo orso della Valsassina e il lupo.

La sala VIII, è dedicata ai grandi mammiferi del mondo, come l’orso dal collare tibetano e a rari carnivori esotici, come il fossa del Madagascar, considerato estinto.

La visita si conclude con la sala mineralogica (sala IX), che espone i minerali della regione lombarda, suddivisi per territorio provinciale di provenienza.

All'interno delle sale è allestito anche il percorso sensoriale "Please touch me! Ad occhi chiusi nel museo #1", ideato per integrare la fruizione degli esemplari esposti e la percezione del mondo naturale di vedenti, non vedenti e ipovedenti.