Nella visione scientifica del museo come luogo di documentazione e ricerca, sin dalle origini i Musei Civici di Lecco hanno raccolto anche materiale archivistico e singoli documenti, per lo più cartacei, che sono venuti a far parte delle Collezioni Storiche o del Fondo Manzoniano.

Vista la presenza di veri e propri fondi archivistici e la mancanza di un Archivio di Stato a Lecco, nel 1981 è stata costituita, di concerto con la competente Soprintendenza Archivistica della Lombardia, la Sezione Separata d’Archivio.

La Sezione è costituita da materiale riguardante il territorio lecchese di natura e consistenza molto eterogenea:

• Archivi politico-amministrativi: Archivio Sottoprefettura di Lecco, Fondo Resistenza
• Archivi di enti assistenziali: Archivio Ente Comunale di Assistenza (copreso gli archivi degli ex Luoghi Pii), Archivio Ufficio Notizie della Croce Rossa
• Archivi di famiglia o singole personalità: Archivio Famiglia Badoni, Fondo Giuseppe Bovara, Fondo Antonio Stoppani, Fondo Giovan Battista Grassi, Fondo Guastella
• Archivi d’impresa e di associazioni economiche: Archivio Consorzio del Gerenzone, Fondo Associazione di Mutuo Soccorso degli operai del mandamento di Lecco
• Archivio storico dei Musei Civici
• Fondo manoscritti e autografi manzoniani

La Sezione Separata d’Archivio è aperta alla consultazione degli studiosi previo appuntamento con il Conservatore responsabile, dr. Mauro Rossetto.